Планы на создание новой церкви (впоследствии Духовской) разрабатывались еще в 1817 году. В примыкающей к Благовещенской церкви части Братского корпуса на двух этажах находились обширные залы. Их решено было перестроить в двусветную церковь, для чего требовалось разобрать междуэтажные перекрытия, устроить хоры и пристроить с востока алтарную часть. Работы велись лаврским архитектором В. П. Петровым в 1817 — 1819 гг., когда проходил ремонт верхней Александро-Невской и нижней Благовещенской церквей.
Предполагалось новую церковь соединить с Благовещенской, так как в ней на проповеди митрополита Михаила (Десницкого) собиралось множество народу. Закладка храма произошла 6 июня 1820 г. Эту дату можно считать датой рождения новой церкви - Духовской. Образа для высокого ампирного иконостаса написал академик Д. Антонелли, изображение евангелистов выполнил М. X. Набоков.
Еще до освящения, в ноябре 1820 — марте 1821 г., в новой церкви произвели несколько погребений, в том числе ее основателя митрополита Михаила. Освящение состоялось 18 мая 1822 г. во имя Сошествия Святого Духа. Через месяц на хорах был освящен небольшой придел преподобного Сергия Радонежского. При строительстве в Духовской церкви было устроено несколько склепов, в 1825 г. к ним добавили еще сорок одно место. И хотя место стоило тысячу рублей, эта усыпальница, значительно превосходившая по размерам соседнюю Благовещенскую, широко использовалась для погребений вплоть до начала XX в. Всего в ней было сто семьдесят два захоронения.
Одновременно с устройством Духовской церкви, проход в которую был через портик надгробия Разумовских, в Благовещенской прошли ремонтные работы. Они коснулись главным образом фасадов здания. Тогда же, в 1821 г., над проездом со стороны реки Монастырки были сооружены каменные ворота «с колоннами, капителями и базами», железные створки которых изготовили в мастерской А. Шрейбера.

В 1894—1895 гг. справа от алтаря Духовской церкви, над склепом семьи Галуновых, был пристроен небольшой придел святой Евдокии, освященный 12 марта 1895 г. К началу XX в. окончательно сложился облик Благовещенской и Духовской церквей-усыпальниц.

В ноябре 1935 г. Духовская церковь - последняя действовавшая в Лавре - была закрыта. На этом богослужения в лавре прекратились более чем на двадцать лет.

Комиссия, в которую входили представители Института истории, Коммунистической академии, Пушкинского дома, Академии материальной культуры, Комитета охраны памятников, Музея города и др., ходатайствовала о присоединении зала Духовской церкви к Благовещенской «ввиду наличия в нем большого количества музейных ценностей и исторических захоронений, в частности многих т. н. пушкинских спутников. Такое соединение... полутемных, низких и незначительных по площади помещений Благовещенского здания с двусветной колоннадой Духовской церкви, кстати сказать, органически и исторически связанных друг с другом, по мнению комиссии, послужит чрезвычайным и необходимым украшением нового музея и позволит свободно разместить многочисленные дополнительные музейные экспонаты». Вместо этого в июле 1936 г. помещение Духовской церкви было передано организации Ленгорплодоовощ, которая немедленно принялась громить подвалы и склепы для размещения там котельной и склада угля. После многочисленных протестов общественности здание через полгода передали аэроклубу Осоавиахима, затем—физкультурному обществу «Спартак». Перед войной Духовская церковь была передана Кировскому заводу «во временное пользование... для использования под жилые помещения». Само собой разумеется, что ни одному из этих арендаторов не было дела до ценнейших захоронений, находившихся в церкви-усыпальнице. Музею-некрополю пришлось в 1937 г. пойти на перенос наиболее выдающихся памятников в музейные Благовещенскую и Лазаревскую усыпальницы; были осуществлены также некоторые перезахоронения. В Благовещенской церкви, в частности, находятся с этого времени надгробные плиты М. А. Милорадовича и Д. Н. Сенявина, пристенный памятник Г. С. Волконского и ряд деталей других памятников.

Некоторые утраченные захоронения усыпальницы Духовской церкви:

Баранова Варвара Александровна. 1791-1850. Жена сенатора Д. В. Баранова, литератора и члена Российской Академии; восприемница в православном крещении Израиля (Александра Дмитриевича) Бланка, деда В. И. Ленина.
Вронченко Федор Павлович, 1778-1852 Граф. Министр финансов.
Григорий (Постников). 1784-1860. Петербургский митрополит, видный богослов.
Давыдова Александра Ильинична (рожд. Чайковская). 1842-1891. Сестра П. И. Чайковского, жена Л. В. Давыдова, сына декабриста.
Головкина Екатерина Львовна, гр. (рожд. Нарышкина). 1767-1820. Дочь обер-штал-мейстера Л. А. Нарышкина, жена гр. Ю. А. Головкина, дипломата, камергера.
Литта Екатерина Васильевна, гр. (рожд. Энгельгардт). 1761 - 1829. Племянница и фаворитка кн. Г. А. Потемкина; в первом браке — жена графа П. М. Скавронского, во втором — вице-адмирала графа Ю. П. Литта, приора Мальтийского ордена.
Левашев Василий Васильевич, 1783-848 Граф. Председатель Государственного совета, генерал-адъютант.
Кушелев-Безбородко Александр Григорьевич 1800-1855. Граф. Государственный контролер, дипломат, основатель лицея в Нежине.
Михаил (Десницкий) 1762-1821. Петербургский митрополит, основатель Библейского общества, член Российской Академии.
Новосильцев Николай Николаевич 1761-1838. Граф. Член «негласного комитета» при Александре I, председатель Государственного совета в Комитете министров.
Протасова Анна Степановна, ск. 1826. Графиня. Камер-фрейлина с 1785 г.
Штерич Евгений Петрович. 1809-1833. Музыкант, дипломат; друг М. И. Глинки.

Источник: Исторические кладбища Петербурга. Справочник-путеводитель. А. В. Кобак, Ю. М. Пирютко. 1993 г.