В залы Благовещенской усыпальницы были перенесены также некоторые детали надгробных памятников, находившихся в Федоровской и Исидоровской церквах. Двухэтажная Федоровская церковь, симметричная Благовещенской, возвышается в юго-восточном углу монастырского ансамбля. Закладка храма произошла 9 августа 1745 г., строили его по проекту П. А. Трезини, а после его отъезда — под наблюдением Игнатия Росси. Освящение задержалось до 1770 г., когда нижняя церковь была освящена во имя святого Иоанна Златоуста, а верхняя — в память святого Федора Ярославича, брата Александра Невского. В 1841 —1842 гг., после капитального ремонта и переделок иконостасов, церкви были переосвящены: нижняя стала Федоровской, а верхнюю освятили в память святого Николая Мирликийского.
Погребения в Златоустовской (Федоровской) церкви производились с 1806 г. до начала XX в. Именно здесь хоронили многих грузинских и имеретинских царевичей, умерших в Петербурге. Из Федоровской церкви происходит эпитафия царевича Теймураза Багратиони, выдающегося грузинского литератора, а также надгробный знак митрополита Евгения Булгара, известного греческого эрудита и духовного писателя, одного из создателей новогреческого литературного языка.

Усыпальница митрополита Исидора (Никольского) находилась в церкви Исидора Пелусиота, которую в 1889-1891 гг. пристроили с алтарной стороны Федоровской церкви. За четверть века в ней было проведено свыше ста пятидесяти захоронений. Все они утрачены.

Некоторые утраченные захоронения усыпальницы митрополита Исидора:

Вышнеградский Иван Алексеевич. 1831-1895. Ученый, основоположник теории автоматического регулирования, почетный член Академии наук, министр финансов.

Гейден Федор Логинович, 1821-1900. Граф. Генерал от инфантерии, начальник Генерального штаба.

Кауфман Михаил Петрович. 1822-1902. Генерал-адъютант, член Государственного совета; брат туркестанского губернатора К. П. Кауфмана, соученик Ф. М. Достоевского по Инженерному училищу.

Лейхтенбергский, герцог, Евгений Максимилианович, князь Романовский. 1847-1901. С женами: Дарьей Константиновной Богарнэ (ск. 1870) и Зинаидой Дмитриевной (рожд. Скобелевой, ск. 1899).

Мещерский Владимир Петрович, князь 1839-1914. Публицист, писатель, издатель газеты «Гражданин».

Сапожников Алексей Александрович. 1857-1892. Потомственный почетный гражданин. Надгробие выполнено в 1905 г. по проекту архитектора В. А. Покровского.

Филиппов Тертий Иванович. 1825-1899. Писатель-славянофил, почетный член Академии наук, директор Государственного контроля.

Фустов Сергей Николаевич 1830-1899. Тайный советник.

Некоторые утраченные захоронения Федоровской усыпальницы:

Гудович Прасковья Кирилловна, графиня (рожд. графиня Разумовская). 1755-1808. Дочь К. Г. Разумовского, жена И. В. Гудовича.

Карпов Григорий Иванович. 1824-1900. Архитектор Александро-Невской лавры.

Ростовцев Яков Иванович, граф 1803-1860. Участник декабристского движения, деятель крестьянской реформы.

Строганов Сергей Григорьевич, граф 1794-1882. Попечитель Московского учебного округа, основатель Строгановского училища и Археологической комиссии.

Источник: Исторические кладбища Петербурга. Справочник-путеводитель. А. В. Кобак, Ю. М. Пирютко. 1993 г.